No setor hídrico São João do Oeste é cortado por três arroios maiores: Arroio Macuco, Arroio Fortaleza e Arroio Dourado, que com os seus afluentes desembocam no Rio Uruguai. A fonte supracitada também afirma que outra confluência de águas é formada pelo vale do Arroio Jundiá que forma limite com os municípios de: