Síndrome de Behçet, síndrome de Stevens-Johnson e doenças inflamatórias intestinais são exemplos de patologias em que pode ocorrer estomatite. Lesões hemorrágicas orais podem surgir em situações como eritema multiforme, escorbuto, leucemia, púrpura trombocitopênica e distúrbios plaquetários. A estomatite também pode ser consequência de hipovitaminose principalmente vitaminas: