Microrganismos indicadores são grupos ou espécies de microrganismos que, quando presentes e um alimento, podem fornecer informações sobre a ocorrência de contaminação de origem fecal, sobre aprovável presença de patógenos ou sobre a deterioração potencial do alimento, além de poderem indicar condições sanitárias inadequadas durante o processamento, produção ou armazenamento. Os microrganismos eucariotas, heterotróficos, caracteristicamente micelares, com interesse não só do ponto de vista da deterioração dos alimentos, mas também pelas múltiplas utilizações industriais, são os: