O fármaco antimicrobiano ideal deve exibir toxicidade seletiva. Este termo significa que o fármaco deve ser prejudicial ao parasita, sem afetar o hospedeiro. Em muitos casos, a toxicidade seletiva é mais relativa que absoluta, o que quer dizer que o fármaco pode lesar o parasita em uma concentração passível de ser tolerada pelo hospedeiro. Em geral, a toxicidade seletiva depende da inibição de processos bioquímicos que são essenciais ao parasita, mas não ao hospedeiro. Os mecanismos de ação dos agentes antimicrobianos podem ser descritos pelas alternativas a seguir, EXCETO: