Diferentes patógenos ameaçam a estabilidade dos rebanhos, submetendo o setor pecuário ao desafio constante de manter rebanhos sanitariamente controlados, prevenindo doenças, erradicando patógenos específicos e produzindo alimentos livres de contaminantes (Portifólio de Sanidade Animal, Embrapa). Dentre os patógenos específicos que podem ameaçar a estabilidade dos rebanhos, temos: