São chamadas de sistêmicas as infecções fúngicas que conseguem invadir a corrente sanguínea e assim ser transportadas para outros sistemas e órgãos do indivíduo. A infecção pode ser autolimitada ou em alguns casos, o fungo encontra um ambiente propício para se propagar e causar uma infecção sistêmica. São agentes etiológicos fúngicos os seguindo microrganismos: